آنالیز ژن و طراحی پرایمر با gene runner
نرم افزار gene runner یک نرم افزار بسیار حرفه ای، کامل و جامع و درعین حال ساده برای بررسی و آنالیز ژن‌ها و طراحی پرایمر و چک کردن پرایمرهای طراحی شده است. این نرم افزار به پژوهشگران کمک می کند تا توالی DNA و RNA خود را به راحتی تجزیه و تحلیل کنند. از نرم افزار gene runner می توان به صورت آفلاین استفاده کرد و نیازی به اتصال به اینترنت ندارد.
برای کار این نرم افزار باید از فایل های با فرمت SEQ استفاده کرد که می توانند با استفاده از کلید ORF تجزیه و تحلیل شوند، همچنین کاربران می توانند از قسمت Oligo توضیحاتی کامل در خصوص ویژگی های ساختاری پرایمر مورد نظر را بدست آورند.
مهم ترین کاربردهای نرم افزار gene runner
- طراحی پرایمر و چک کردن صحت پرایمر های طراحی شده
- پیدا کردن توالی های نوکلئوتیدی برای سایت های برشی آنزیم های محدودکننده
- تحلیل آنزیم‌های palindromic یا غیر palindromic
- امکان جستجوی ORF (Open Reading Frame)
- فراهم کردن اطلاعات مفید توالی ها (annotation)
- امکان هم ترازی چندگانه توالی (multiple sequence alignments)
- تبدیل ورودی توالی DNA به توالی پروتئین یا همان ترجمه
- پیدا کردن موتیف های توالی های پروتئینی برای سایت های برشی پپتیداز
- EZ Clone برای حل مشکلات شبیه سازی
برای آموزش تخصصی طراحی پرایمر با نرم افزار gene runner
از طریق لینک آموزش طراحی پرایمر می توانید اقدام نمایید.
نحوه کار و آموزش نرم افزار gene runner
برای شروع کار با این نرم افزار ابتدا در صفحه اصلی بر روی نوار ابزار واقع در بالای صفحه، گزینه File انتخاب کنید. سپس پنجره ای باز می شود و گزینه اول sequence acid Nucleic را انتخاب کرده، در ادامه صفحه دیگری باز می شود که در این صفحه می توانید توالی مورد نظر الگوی خود را قرار دهید. از پایگاه داده NCBI می توانید برای گرفتن توالی ژن مورد نظر خود استفاده کنید.
زمانی که وارد سایت شدید، نام ژن مورد نظر خود را وارد کنید (برای دریافت توالی در قسمت پایگاه داده، Nucleotide را انتخاب کنید.) بعد از انتخاب گزینه search صفحه ای باز می شود که در آن لیستی از ژن ها با کلید واژهای که شما جستجو کرده اید ردیف می شود. بسته به گونه مورد نظر خود باید از این لیست، ژن خود را انتخاب کنید.
بنابراین پس از انتخاب گزینه search صفحه ای باز می شود که همه اطلاعاتی که مربوط به ژن موردنظر شما هست در آن صفحه قابل مشاهده می باشد. با انتخاب گزینه FASTA در بالا و سمت چپ این صفحه به توالی قطعه مورد نظرخود در قالب FASTA دسترسی پیدا خواهید کرد. توالی به دست آمده را کپی کرده و در صفحه نرم افزار gene Runner ، جایگزین(paste) کنید.
نرم افزار gene runner قابلیت جالبی دارد و آن هم دو رشته ای کردن توالی هاست. بنابراین شما با کپی کردن توالی یک رشته ای مورد نظر خود به توالی دو رشته ای آن دست پیدا می کنید. همانطور که می دانید برای انتخاب توالی پرایمر جلویی باید از رشته sense استفاده کرد.
با در نظر گرفتن این نکته، به صورت دستی از ابتدای قطعه مورد نظر توالیهای 18-22 نوکلئوتیدی را انتخاب کرده و سپس از منوی بالایی صفحه Gene Runner ، گزینه Analysis و سپس Oligo را انتخاب کنید. از کلید میانبر L+Ctrl نیز می توانید استفاده کنید. سپس صفحه ای برای شما باز می شود که در آن ویژگی های مهم قطعه انتخاب شده را مشاهده می کنید.
راه میانبر برای دست یابی به پرایمرها، استفاده از ابزار Blast primer سایت NCBI است. اگر چه پرایمرهای پیشنهادی این بخش لزوما قابل اطمنیان ترین نیستند و حتی گاهی مشکالت فاحشی دارند، اما راه بسیار سریعی است و اگر خوش شانس باشید شاید بهترین پرایمرها را هم به شما پبشنهاد بدهد!
برای استفاده از این روش، باید توالی قطعه مورد نظر را داشته باشید. وارد سایت NCBI شوید و از گزینه های سمت راست صفحه اصلی، Blast را انتخاب کنید. بعد از ورود به صفحه Blast، از بخش های پایین صفحه تحت عنوان searches specialized ، گزینه primer
blast را انتخاب کنید.
پس از ورود به صفحه blast primer ، در باکس بالایی صفحه باید توالی مورد نظر خود را قرار دهید و گزینه primers get در پایین صفحه را انتخاب کنید. حالا صفحه ای برای شما باز می شود که موقعیت و سایر اطلاعات جفت پرایمرهای پیشنهادی را در آن مشاهده می کنید. حتما بعد از طراحی، پرایمرها را Blast کنید. وارد بخش blast primer سایت NCBI شوید و این بار توالی پرایمر جلویی و عقبی را در باکس های مربوط به خودشان کپی کنید.
برخلاف وبسایت NCBI یکی از مهم ترین مزیت های نرم افزار gene runner امکان نمایش همزمان دو رشته الگو می باشد.
لینک دانلود نرم افزار gene runner
برای سفارش طراحی پرایمر و سنتز پرایمر و پروب انواع مختلف PCR
از طریق لینک خدمات آزمایشگاهی می توانید اقدام نمایید.
