نرم افزار Oligo 7 برای َآنالیز و طراحی پرایمر
اولین نسخه نرم افزار Oligo 7 در سال 1989 وارد بازار شد. تغییرات زیادی در آن انجام شد و آخرین آپدیت، تغییر از نسخه 6 به 7 این نرم افزار است. این نرم افزار بر روی سیستم عامل های ویندوز و مکینتاش قابل نصب و اجرا است و از طریق وبسایت سازنده به همراه دفترچه راهنما ارائه می شود.
نسخه دمو این نرم افزار به مدت یک ماه قابل استفاده است و برای استفاده از نسخه کامل نرم افزار نیاز به خریداری لایسنس می باشد. برای دانلود نرم افزار oligo analyzer می توانید از لینک زیر اقدام نمایید.
مهم ترین کاربردهای نرم افزار Oligo 7
نرم افزار Oligo 7 می‌تواند به‌طور خودکار پرایمرهای چندگانه را انتخاب کند، فایل‌های توالی را در حالت‌های دسته‌ای پردازش کند، پرایمرهای PCR را به‌طور خودکار طراحی کند تا چندین ناحیه DNA را تنها در یک جستجو پوشش دهد و به‌طور خودکار مجموعه‌های پرایمر یا پروب را برای PCR پیدا کند.
نرم افزار آنالیز و طراحی پرایمر ابزاری ضروری برای طراحی و تجزیه و تحلیل توالی های پرایمر و انواع مختلف پروب ها است. این نرم افزار بر اساس به روزترین داده های ترمودینامیکی، الگوریتم های جستجوی Oligo پرایمرهای بهینه ای برای PCR پیدا می کنند (پردازش دسته ای چند فایل امکان پذیر است).
نرم افزار 7 Oligo برای تجزیه و تحلیل بهتر پرایمرها تعداد زیادی از داده های مفید، مانند ساختار ثانویه DNA و RNA، تشکیل دایمر، آغازگر و همسانی کاذب، ساختارهای ثانویه، ترکیب و خصوصیات فیزیکی و…را در اختیار کاربر قرار می دهد. با استفاده از نرم افزار الیگو آنالایزر می توانید فریم های باز خواندن را تا وزن مولکولی و pKa پروتئین پیش بینی کرده و مکان های آنزیم محدود کننده را نه تنها در DNA بلکه در پروتئین ها جستجو کنید.
برای آموزش تخصصی طراحی پرایمر با نرم افزار نرم افزار 7 Oligo
از طریق لینک آموزش طراحی پرایمر می توانید اقدام نمایید.
نحوه کار و آموزش نرم افزار oligo 7
برای شروع طراحی پرایمر باید از نوار ابزار بالای صفحه گزینه New sack را انتخاب می کنیم، پنجره ای باز می شود که توالی ژنی که قصد داریم برای آن پرایمر طراحی کنیم را وارد می کنیم(توالی را معمولا از پایگاه داده ها بدست می آوریم و در نرم افزار کپی می کنیم). بعد از انتخاب گزینه Accept پنجره ای باز می شود که نمای کلی و تعدادی جدول با گراف هایی را نمایش می دهد که مربوط به توالی مورد نظرمان است.
در بخش بالای نرم افزار 3 باکس مشاهده می شود که اطلاعات مهمی را در اختیار کاربر قرار می دهد.
در باکس شماره یک از چپ گزینه اول طول قطعه را نمایش می دهد، گزینه دوم Reading fream است بدین معنی که از کدام نوکلئوتید ترجمه شروع شده است(نرم افزار Oligo 7 با توجه به آنالیزهایی که انجام داده است نوکلئوتید1+ را به عنوان نوکلئوتید آغازی در نظر گرفته است یا به عبارت دیگر Reading fream از نوکلئوتید 1 شروع شده است). گزینه سوم، طول پرایمری که می خواهیم طراحی کنیم و اینکه در چه موقعیتی قرار گرفته را نمایش می دهد و گزینه آخر هم مربوط به دمای ذوب یا Tm را نمایش می دهد.
باکس دوم شامل 4 گزینه است که این گزینه ها مربوط به انتخاب نوع توالی می باشد.
باکس سوم نشان می دهد که چه جایگاه هایی که در قطعه انتخاب کردیم وجود دارد. به عنوان مثال ممکن است این قطعه بعدا ترجمه شود و یا اینکه به صورت دستی برای نرم افزار تعریف کنیم، ناحیه ای که قصد داریم یک پرایمر طراحی کنیم یک ناحیه CDS است، سپس نرم افزار ویژگی های آن قطعه را برای ما نمایش می دهد.
بخش بعدی نرم افزار شامل یک گراف است که در زیر جداول قرارگرفته و دمای ذوب هر نوکلئوتید و نوسانی که بین هرقسمت از توالی وجود دارد را نمایش می دهد. بخشهایی که میزان نوکلئوتید گوانین وسیتوزین(CوG)بیشتری دارد، دمای TMبالاتری دارند. و هر جایی که میزان نوکلئوتید تیمین و آدنین(TوA) بیشتر است، دمای TMپایین تر است.
در بزرگنمایی گراف می توانید در هر قسمت بالاترین و پایین ترین دما را ببینید. یک ناحیه با رنگ طوسی هایلایت شده که نشان دهنده دمای TM و کل توالی مورد نظر ما هست. جالب است بدانید که می توانید روی هرکدام از نوکلئوتیدها کلیک کنید و دمای TM و موقعیتی که نوکلئوتیدها قراردارند را درقسمت بالای صفحه سمت راست مشاهده کنید.
در بخش دیگری از نرم افزار تعدادی از نقاط به رنگ سبز و قرمز مشخص شده که در واقع همان توالی های مورد نظر ماهستند. مشخص شدن این نواحی بواسطه این رنگ ها به ما در انتخاب ناحیه مناسب در طراحی پرایمر کمک شایانی می کند.
نواحی قرمز رنگ، نواحی هستند که در آن ها احتمال بوجود آمدن ساختار وجود دارد.
نواحی سبز رنگ، نشان دهنده توالی های پالیندرومی است و احتمالا در آن نواحی ساختارهای سنجاق سری تشکیل شود.
بخش بعدی نرم افزار هم توالی های رشته پیشرو و پیرو را نمایش می دهد که از یکسری نوکلئوتید تشکیل شده و با توجه به Reading fream که در جدول بالا تعیین کرده بود هرسه نوکلئوتید را به یک آمینواسید ترجمه کرده است. نکته مهمی که وجود دارد این است که رنگ آمینواسیدها در اینجا متفاوت است و علت آن کدگذاری است که توسط خود نرم افزار انجام شده وآمینواسیدها را براساس … به هرکدام یک رنگی اختصاص داده است.
اگر در نوار ابزار بالای صفحه از بخش Analyze، گزینه Open Reading Frames را بازکنید می توانید این کدگذاری ها را بینید. کد گذاری ها به این شکل است که آمینواسید با کمترین فراوانی به رنگ زرد و آمینواسید با بیشترین فراوانی به رنگ مشکی نمایش داده می شود و هر دو رشته پیشرو و پیرو را در سه Fream ترجمه کرده است. همچنین مشخص کرده که درترجمه هر Fream کدام Fream بیشترین آمینواسید را دارد.
نرم افزار اینگونه در نظر گرفته که اگر از نوکلئوتید اول ترجمه را شروع کند، بیشترین پیوستگی توالی آمینواسیدی را خواهیم داشت، بنابراین نوکلئوتید اول وسه بازاول را به عنوان کدون آغازی در نظر گرفته است.
برای سفارش طراحی پرایمر و سنتز پرایمر و پروب انواع PCR
از طریق لینک خدمات آزمایشگاهی می توانید اقدام نمایید.
