• آخرین
  • روند
  • همه
نرم افزار Oligo 7

َآنالیز و طراحی پرایمر با نرم افزار Oligo 7

اسفند 20, 1401
توالی یابی به روش نیمه رسانا

توالی یابی به روش نیمه رسانا (Ion torrent)

اسفند 18, 1401
استخراج DNA

مروری بر انواع روشهای استخراج DNA

فروردین 5, 1402
توالی یابی SOLiD

توالی یابی SOLiD

اسفند 18, 1401
پایروسیکوئنسینگ

توالی یابی به روش پایروسیکوئنسینگ(Pyrosequencing)

بهمن 18, 1401
توالی یابی سنگر

توالی یابی سنگر (sanger) | نسل اول تعیین توالی DNA

بهمن 16, 1401
توالی یابی ماکسام گیلبرت

توالی یابی ماکسام گیلبرت | روش تجزیه شیمیایی یا شکست زنجیر

بهمن 1, 1401
بررسی انواع سندرم های ژنتیکی

بررسی انواع سندرم های ژنتیکی

خرداد 17, 1401
تکنیک کریسپر

تکنیک کریسپر

خرداد 17, 1401
رومانوف

پیدا کردن اعضای خاندان رومانوف با بررسی STR های استخوان های خانواده سلطنتی

اردیبهشت 19, 1401
استخراج DNA با پروتئیناز K

استخراج DNA با پروتئیناز K

فروردین 5, 1402
طراحی پرایمر

راهنمای جامع طراحی پرایمر

اسفند 20, 1401
تکنیک SDS-PAGE

تکنیک SDS-PAGE

اردیبهشت 15, 1401
روز جهانی DNA

روز جهانی DNA

اردیبهشت 5, 1401
استخراج DNA به روش Salting Out

استخراج DNA به روش Salting Out

فروردین 5, 1402
روز علوم آزمایشگاهی

روز علوم آزمایشگاهی؛ زاد روز حکیم اسماعیل جرجانی

فروردین 29, 1401
روز جهانی هموفیلی

روز جهانی هموفیلی

فروردین 27, 1401
  • وبسایت داروینو
  • درباره ما
  • تماس با ما
یکشنبه, فروردین 6, 1402
  • ورود
  • ثبت نام
لوگوی وبلاگ داروینو
  • صفحه اصلی
  • بلاگ
    • همه
    • بیوانفورماتیک
    • بیوتکنولوژی
    • پزشکی و داروسازی
    • ژنتیک
    • علوم آزمایشگاهی
    • کشت سلول و بافت‌شناسی
    • میکروبیولوژی
    توالی یابی به روش نیمه رسانا

    توالی یابی به روش نیمه رسانا (Ion torrent)

    استخراج DNA

    مروری بر انواع روشهای استخراج DNA

    توالی یابی SOLiD

    توالی یابی SOLiD

    پایروسیکوئنسینگ

    توالی یابی به روش پایروسیکوئنسینگ(Pyrosequencing)

    توالی یابی سنگر

    توالی یابی سنگر (sanger) | نسل اول تعیین توالی DNA

    توالی یابی ماکسام گیلبرت

    توالی یابی ماکسام گیلبرت | روش تجزیه شیمیایی یا شکست زنجیر

    بررسی انواع سندرم های ژنتیکی

    بررسی انواع سندرم های ژنتیکی

    تکنیک کریسپر

    تکنیک کریسپر

    رومانوف

    پیدا کردن اعضای خاندان رومانوف با بررسی STR های استخوان های خانواده سلطنتی

    استخراج DNA با پروتئیناز K

    استخراج DNA با پروتئیناز K

    برچسب های پرطرفدار

    • داروینو پلاس
      • همه
      • بوم‌گردی
      • خبرهای علمی و پزشکی
      • معرفی دستگاه ها و تجهیزات آزمایشگاهی
      • معرفی سایت و نرم افزار
      • معرفی شخصیت و آزمایشگاه
      • معرفی شرکت های معتبر
      • معرفی فیلم و کتاب
      • مناسبت‌ها
      روز جهانی DNA

      روز جهانی DNA

      روز علوم آزمایشگاهی

      روز علوم آزمایشگاهی؛ زاد روز حکیم اسماعیل جرجانی

      روز جهانی هموفیلی

      روز جهانی هموفیلی

      دست نوشته های سرقت شده داروین

      بازگشت دست نوشته های سرقت شده داروین به کمبریج پس از 22 سال

      ذخایر ژنتیکی و زیستی

      ذخایر ژنتیکی و زیستی، گنجینه ی ملی ایران

      ژل داک

      دستگاه ژل داک یا مستندساز ژل و انواع آن

      نرم افزار Oligo 7

      َآنالیز و طراحی پرایمر با نرم افزار Oligo 7

      پیوند قلب خوک به انسان

      پیوند قلب خوک به انسان با استفاده از تکنیک کریسپر

      سانتریفوژ

      انواع سانتریفوژها و کاربرد آنها

      طراحی پرایمر با نرم افزار gene runner

      طراحی پرایمر با نرم افزار gene runner

      برچسب های پرطرفدار

      بدون نتیجه
      مشاهده همه نتیجه
      وبلاگ داروینو
      بدون نتیجه
      مشاهده همه نتیجه
      صفحه نخست بلاگ بیوانفورماتیک

      َآنالیز و طراحی پرایمر با نرم افزار Oligo 7

      توسط مدیر سایت
      اسفند 20, 1401
      در بلاگ, بیوانفورماتیک, معرفی سایت و نرم افزار
      1 0
      0
      نرم افزار Oligo 7

      نرم افزار Oligo 7 برای َآنالیز و طراحی پرایمر

      اولین نسخه نرم افزار Oligo 7 در سال 1989 وارد بازار شد. تغییرات زیادی در آن انجام شد و آخرین آپدیت، تغییر از نسخه 6 به 7 این نرم افزار است. این نرم افزار بر روی سیستم عامل های ویندوز و مکینتاش قابل نصب و اجرا است و از طریق وبسایت سازنده به همراه دفترچه راهنما ارائه می شود.

      نسخه دمو این نرم افزار به مدت یک ماه قابل استفاده است و برای استفاده از نسخه کامل نرم افزار نیاز به خریداری لایسنس می باشد. برای دانلود نرم افزار oligo analyzer می توانید از لینک زیر اقدام نمایید.

      • دانلود نرم افزار Oligo 7

       

      مهم ترین کاربردهای نرم افزار Oligo 7

      نرم افزار Oligo 7 می‌تواند به‌طور خودکار پرایمرهای چندگانه را انتخاب کند، فایل‌های توالی را در حالت‌های دسته‌ای پردازش کند، پرایمرهای PCR را به‌طور خودکار طراحی کند تا چندین ناحیه DNA را تنها در یک جستجو پوشش دهد و به‌طور خودکار مجموعه‌های پرایمر یا پروب را برای PCR پیدا کند.

      نرم افزار آنالیز و طراحی پرایمر ابزاری ضروری برای طراحی و تجزیه و تحلیل توالی های پرایمر و انواع مختلف پروب ها است. این نرم افزار بر اساس به ‌روزترین داده های ترمودینامیکی، الگوریتم های جستجوی Oligo پرایمرهای بهینه ای برای PCR پیدا می کنند (پردازش دسته ای چند فایل امکان پذیر است).

      نرم افزار 7 Oligo برای تجزیه و تحلیل بهتر پرایمرها تعداد زیادی از داده های مفید، مانند ساختار ثانویه DNA و RNA، تشکیل دایمر، آغازگر و همسانی کاذب، ساختارهای ثانویه، ترکیب و خصوصیات فیزیکی و…را در اختیار کاربر قرار می دهد. با استفاده از نرم افزار الیگو آنالایزر می توانید فریم های باز خواندن را تا وزن مولکولی و pKa پروتئین پیش بینی کرده و مکان های آنزیم محدود کننده را نه تنها در DNA بلکه در پروتئین ها جستجو کنید.

      کارآموزی آزمایشگاه

      برای آموزش تخصصی طراحی پرایمر با نرم افزار نرم افزار 7 Oligo

      از طریق لینک آموزش طراحی پرایمر می توانید اقدام نمایید.

       

      نحوه کار و آموزش نرم افزار oligo 7

      برای شروع طراحی پرایمر باید از نوار ابزار بالای صفحه گزینه New sack را انتخاب می کنیم، پنجره ای باز می شود که توالی ژنی که قصد داریم برای آن پرایمر طراحی کنیم را وارد می کنیم(توالی را معمولا از پایگاه داده ها بدست می آوریم و در نرم افزار کپی می کنیم).  بعد از انتخاب گزینه Accept پنجره ای باز می شود که نمای کلی و تعدادی جدول با گراف هایی را نمایش می دهد که مربوط به توالی مورد نظرمان است.

      نرم افزار Oligo 7

      در بخش بالای نرم افزار 3 باکس مشاهده می شود که اطلاعات مهمی را در اختیار کاربر قرار می دهد.

      در باکس شماره یک از چپ گزینه اول طول قطعه را نمایش می دهد، گزینه دوم Reading fream است بدین معنی که از کدام نوکلئوتید ترجمه شروع شده است(نرم افزار Oligo 7 با توجه به آنالیزهایی که انجام داده است نوکلئوتید1+ را به عنوان نوکلئوتید آغازی در نظر گرفته است یا به عبارت دیگر Reading fream از نوکلئوتید 1 شروع شده است). گزینه سوم، طول پرایمری که می خواهیم طراحی کنیم و اینکه در چه موقعیتی قرار گرفته را نمایش می دهد و گزینه آخر هم مربوط به دمای ذوب یا Tm را نمایش می دهد.

      باکس دوم شامل 4 گزینه است که این گزینه ها مربوط به انتخاب نوع توالی می باشد.

      باکس سوم نشان می دهد که چه جایگاه هایی که در قطعه انتخاب کردیم وجود دارد. به عنوان مثال ممکن است این قطعه بعدا ترجمه شود و یا اینکه به صورت دستی برای نرم افزار تعریف کنیم، ناحیه ای که قصد داریم یک پرایمر طراحی کنیم یک ناحیه CDS است، سپس نرم افزار ویژگی های آن قطعه را برای ما نمایش می دهد.

      بخش بعدی نرم افزار شامل یک گراف است که در زیر جداول قرارگرفته و دمای ذوب هر نوکلئوتید و نوسانی که بین هرقسمت از توالی وجود دارد را نمایش می دهد. بخشهایی که میزان نوکلئوتید گوانین وسیتوزین(CوG)بیشتری دارد، دمای TMبالاتری دارند. و هر جایی که میزان نوکلئوتید تیمین و آدنین(TوA) بیشتر است، دمای TMپایین تر است.

      در بزرگنمایی گراف می توانید در هر قسمت بالاترین و پایین ترین دما را ببینید. یک ناحیه با رنگ طوسی هایلایت شده که نشان دهنده دمای TM و کل توالی مورد نظر ما هست. جالب است بدانید که می توانید روی هرکدام از نوکلئوتیدها کلیک کنید و دمای TM و موقعیتی که  نوکلئوتیدها قراردارند را درقسمت بالای صفحه سمت راست مشاهده کنید.

      نرم افزار Oligo 7

       

      در بخش دیگری از نرم افزار تعدادی از نقاط به رنگ سبز و قرمز مشخص شده که در واقع همان توالی های مورد نظر ماهستند. مشخص شدن این نواحی بواسطه این رنگ ها به ما در انتخاب ناحیه مناسب در طراحی پرایمر کمک شایانی می کند.

      نواحی قرمز رنگ، نواحی هستند که در آن ها احتمال بوجود آمدن ساختار وجود دارد.

      نواحی سبز رنگ، نشان دهنده توالی های پالیندرومی است و احتمالا در آن نواحی ساختارهای سنجاق سری تشکیل شود.

       

      بخش بعدی نرم افزار هم توالی های رشته پیشرو و پیرو را نمایش می دهد که از یکسری نوکلئوتید تشکیل شده و با توجه به Reading fream که در جدول بالا تعیین کرده بود هرسه نوکلئوتید را به یک آمینواسید ترجمه کرده است. نکته مهمی که وجود دارد این است که رنگ آمینواسیدها در اینجا متفاوت است و علت آن کدگذاری است که توسط خود نرم افزار انجام شده وآمینواسیدها را براساس … به هرکدام یک رنگی اختصاص داده است.

      اگر در نوار ابزار بالای صفحه از بخش Analyze، گزینه Open Reading Frames را بازکنید می توانید این کدگذاری ها را بینید. کد گذاری ها به این شکل است که آمینواسید با کمترین فراوانی به رنگ زرد و آمینواسید با بیشترین فراوانی به رنگ مشکی نمایش داده می شود و هر دو رشته پیشرو و پیرو را در سه Fream ترجمه کرده است. همچنین مشخص کرده که درترجمه هر Fream کدام Fream بیشترین آمینواسید را دارد.

      نرم افزار اینگونه در نظر گرفته که اگر از نوکلئوتید اول ترجمه را شروع کند، بیشترین پیوستگی توالی آمینواسیدی را خواهیم داشت، بنابراین نوکلئوتید اول وسه بازاول را به عنوان کدون آغازی در نظر گرفته است.

      • دانلود فایل پاورپوینت آموزش نرم افزار Oligo 7

       

      خدمات آزمایشگاهی ژنتیک، کشت سلول، بیوتکنولوژی، میکروبیولوژی

      برای سفارش طراحی پرایمر و سنتز پرایمر و پروب انواع PCR

      از طریق لینک خدمات آزمایشگاهی می توانید اقدام نمایید.

       

      برچسب ها: آزمایش PCRآزمایشگاه ژنتیکتوالی پالیندرومیخدمات آزمایشگاه ژنتیک مولکولیخدمات آزمایشگاهیدر مسیر تکاملدمای Tmژنتیک مولکولیسنتز پرایمرطراحی پرایمرنرم افزار Oligo 7نرم افزارهای طراحی پرایمر
      پست قبلی

      تکنیک وسترن بلات

      پست بعدی

      دستگاه ژل داک یا مستندساز ژل و انواع آن

      مدیر سایت

      مدیر سایت

      پست بعدی
      ژل داک

      دستگاه ژل داک یا مستندساز ژل و انواع آن

      دیدگاهتان را بنویسید لغو پاسخ

      نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

      وبلاگ داروینو

      کلیه حقوق برای وبسایت داروینو محفوظ است.

      دسترسی سریع

      • وبسایت داروینو
      • درباره ما
      • تماس با ما

      ما را دنبال کنید

      بدون نتیجه
      مشاهده همه نتیجه
      • وبسایت داروینو
      • صفحه اصلی
      • بلاگ
        • ژنتیک
        • میکروبیولوژی
        • کشت سلول و بافت‌شناسی
        • علوم آزمایشگاهی
        • بیوتکنولوژی
      • داروینو پلاس
        • معرفی شخصیت و آزمایشگاه
        • خبرهای علمی و پزشکی
        • معرفی سایت و نرم افزار

      کلیه حقوق برای وبسایت داروینو محفوظ است.

      خوش آمدید!

      ورود به حساب کاربری خود در زیر

      رمز عبور را فراموش کرده اید؟ ثبت نام

      ایجاد حساب جدید!

      پر کردن فرم های زیر برای ثبت نام

      تمام زمینه ها مورد نیاز است. ورود

      رمز عبور خود را بازیابی کنید

      لطفا نام کاربری یا آدرس ایمیل خود را برای تنظیم مجدد رمز عبور خود وارد کنید.

      ورود