✍ کاربرد تکنیک Touchdown PCR در آزمایشگاه مولکولی 

اگر در آزمایشگاه مولکولی کار کرده باشید بارها برایتان این اتفاق افتاده که باندهای غیر اختصاصی به جز باند مورد نظرتان طی PCR  تکثیر شده و شما آن را روی ژل الکتروفورز مشاهده کرده اید و خستگی همه ی کار روی دوشتان مانده اما نگران نباشید راه های زیادی برای حذف این باندهای غیر اختصاصی هست تا PCR شما بهینه شود .از متدهای مختلف می توان اضافه کردن برخی مواد مثل DMSO، تغییر درغلظت یون منیزیم و تغییر پرایمرها و …اشاره کرد ولی قبل از این ها می توان برای جلوگیری از اتلاف زمان و مواد مختلف برای ممانعت از اتصال نادرست پرایمرها و محدودیت در تعیین دقیق Tm از Touchdown PCR استفاده کرد که نخستین بار در سال ۱۹۹۱ مطرح گردید.

در واقع اساس Touchdown PCR تغییر پارامترهای مربوط به هر سیکل است و تفاوت آن با PCR معمولی دو فاز جداگانه چرخه دمایی است، فاز اول فاز Touchdown نامیده می شود که با دمای اتصال بالاتر از Tm  Tm+10°C)) شروع  و در حین سیکل های متوالی کاهش می یابد تا به دمای اتصال مورد نظر برسیم سپس فاز دوم همان  تکنیک PCR معمولی دراین دماست پس می توان گفت درطی ۱۰ تا ۱۵ سیکل اولیه  واکنش دماهای بالاتر از دمای اتصال annealing پیش بینی شده به کار می رود و به مرور کاهش می یابد تا به دمای  Tmمورد نظر که همان دمای Touchdown  به آن گفته می شود برسیم و سپس ۲۵-۲۰ سیکل با دمای اتصال مورد نظر انجام می گیرد باید دقت کرد که تعداد کلی سیکل ها بیشتر از ۳۵ سیکل نشود چون خود این موضوع باعث افزایش تکثیر باندهای غیر اختصاصی و دایمرهای پرایمر می شود . دماهای بالایی که در سیکل های ابتدایی استفاده می کنیم احتمال اتصال پرایمرها به نواحی از توالی الگو که بیشترین میزان مکمل بودن را دارند افزایش می دهد و در نتیجه دایمرهای پرایمر و اتصالات غیراختصاصی به حداقل می رسد ولی مشکل این دمای بالا افزایش احتمال جدا شدن پرایمرها از توالی مورد نظر و کاهش محصول است ولی کاهش دما به صورت تدریجی در سیکل های بعدی با استفاده از محصولات اختصاصی تولید شده در ابتدای واکنش مانع از کاهش محصول می شود و در نهایت با پیشرفت واکنش این محصولات اختصاصی بر محصولات غیر اختصاصی و دایمرهای پرایمر غلبه می کنند.