✍ موارد استفاده از تکنیک ARMS PCR 

تکنیک ARMS PCR با نام کامل Amplification Refractory Mutation Syestem یک روش مطمئن و سریع برای شناسایی جهش های نقطه ای و پلی مورفیسم ها و حذف های کوچک است . از این تکنیک می توان برای جداسازی آلل های یک ژن که حتی در حد یک جفت بازند و هم چنین برای تعیین ژنوتیپ و جدا کردن افراد هموزیگوت و هتروزیگوت از نظر یک لوکوس ژنی ازهم استفاده کرد. در مطلب تکنیک RFLP گفته شد که گاهی برای جهش و پلی مورفیسم مورد نظرمان آنزیم محدودگر مناسبی وجود ندارد لذا باید از تکنیک دیگر استفاده کنیم که یکی از مهم ترین و آسان ترین آن ها ARMS_PCR  است ولی این تکنیک هم محدودیت های خاص خودش به ویژه از لحاظ طراحی پرایمر اختصاصی دارد که اساسی ترین رکن این تکنیک است. این پرایمر های اختصاصی فقط زمانی باعث تکثیر می شوند که آلل مورد نظرمان در نمونه موجود باشد ومثلا چنانچه جهشی رخ داده باشد و آلل موتانت باشد و پرایمر طراحی شده برای آلل نرمال باشد پرایمر ما دیگر قادر به تکثیر نمونه نمی باشد.

برای این تکنیک باید ۳ پرایمر اختصاصی طراحی کنیم که در واقع ۲ پرایمر Reverse و یا ۲ پرایمر Forward  به گونه ای طراحی می کنیم که انتهای ‘۳ یکی از آن ها آلل موتانت (جهش یافته ) و انتهای ‘۳ پرایمر دیگر آلل نرمال یعنی جهش نیافته باشد و حال فرض کنید انتهای ‘۳ پرایمرهای Forward را اختصاصی طراحی کردیم پس باید یک پرایمر Reverse با فاصله ی مناسب از پرایمرهای Forward طراحی کنیم و این که کدام یک از پرایمرهای F  و یا R را اختصاصی برای آلل طراحی کنیم بستگی به این دارد که از کدام سمت شرایط طراحی پرایمرمناسب تر باشد

از آن جایی DNA پلیمرازهایی مثل Taq polymerase خاصیت اگزونوکلئازی ‘۳ به ‘۵ ندارند برای این تکنیک مناسبند چون چنانچه missmatch در انتهای ‘۳ بین پرایمر و DNA  الگو باشد بازده تکثیر به شدت کاهش پیدا می کند بنابراین نمی توان از DNA پلیمرازهایی با high fidelity مثل pfu و vent استفاده کرد ولی علاوه بر این اضافه کردن یک missmatch دیگر در نزدیکی موقعیت انتهای ‘۳ حدود ۵ نوکلئوتید مانده به انتهای ‘۳ باعث می شود تکنیک به درستی انجام شود و اختصاصیت واکنش افزایش پیدا کند. بدین منظور از ۲ تیوب برای هر نمونه استفاده می کنیم که در هر دو تیوب از یک نمونه DNA استفاده می کنیم  ولی در تیوب اول از پرایمری استفاده می کنیم که اختصاصی آلل نرمال باشد و در تیوب دوم از پرایمری استفاده می کنیم که اختصاصی آلل موتانت باشد حال بسته به اینکه DNA مورد نظر حاوی چه آللی می باشد در یکی از تیوب ها واکنش تکثیر انجام می شود این نشان می دهد که فرد هموزیگوت است و چنانچه تکثیر در هر دو تیوب رخ دهد فرد دارای هر دو آلل نرمال و موتانت می باشد و هتروزیگوت است. لذا از این طریق می توان افراد را از نظر یک لوکوس ژنی تعیین ژنوتیپ کرد.

برای اینکه مطمئن شویم عدم تکثیر در هر یک از تیوب ها به دلیل عدم حضور آلل مکمل با انتهای ‘۳ پرایمرهست بهتر است از یک جفت پرایمر کنترل داخلی  که در نواحی از DNA که فاقد جهش مورد بررسی ماست متصل می شود و قطعه بزرگتری تکثیر می کند استفاده کرد و از درستی واکنش PCR اطلاع پیدا کرد .در شرایط منفی کاذب هیچ کدام از پرایمرهای اختصاصی جهش و کنترل داخلی تکثیر نمی شوند و باید به سایر شرایط و مواد مورد استفاده در واکنش PCR را بررسی کنیم و از صحت آن ها اطمینان حاصل کنیم . پس از انجام واکنش PCR در ترمال سایکلر نتایج را روی ژل الکتروفورز پلی آکریل آمید یا ژل آگارز عمدتا ۳% مشاهده می کنیم و تعیین ژنوتیپ میسر می شود . پس در نهایت متوجه شدیم دلیل نامگذاری این تکنیک مقاوم بودن (Refractory) به تکثیر، پرایمر دارای آلل نرمال در تیوب حاویDNA الگوی موتانت و پرایمر حاوی آلل موتانت در تیوب حاوی DNA الگو با آلل نرمال می باشد.