✍BioEdit یک ویرایشگر توالی نوکلئوتیدی رایگان در زیست شناسی مولکولی

نرم افزار BioEdit در ۲۰ فوریه ۲۰۰۹ منتشر شد. در واقع یک ویرایشگر توالی نوکلئوتیدی رایگان و یکی از رایج_­ترین نرم افزارهای مهم مورد استفاده در مطالعات زیست_­شناسی مولکولی است. در واقع این نرم_­­افزار یک ویرایشگر توالی نوکلئوتیدی رایگان است. که موارد استفاده آن برای ویرایش توالی های زیستی و نتایج حاصل از مقایسه یا الاینمنت توالی_­ها است و توسط یک دانشجوی فارغ التحصیل علوم زیستی و به جهت افزایش سهولت ویرایش توالی_­ ها نوشته شده است. نویسنده این نرم افزار آن را یک رابط بصری مستند چندگانه با ویژگی های مناسب می نامد. این نرم افزار امکان ویرایش توالی ها و برخی ویژگی های پایه و همچنین برخی امکانات ساده آنالیزی را به صورت رایگان ارائه می دهد. اما با نگاهی دقیق تر به این نرم افزار متوجه خواهید شد که BioEdit یک نرم افزار توانمند است که می تواند امکانات بی شماری به کاربران ارائه دهد.

باز کردن فرمت های مختلف توالی های زیستی از جمله فرمت های استاندارد بانک ژن مانند GB، GEN، GNK ، GBK و فرمت های استاندارد  FASTA، فرمت های الاینمنت PIR و NBR، فرمت های Clustal ، phylip و بسیاری از فایل های مرتبط با توالی و الاینمنت توسط این نرم افزار امکان پذیر است و به عنوان یک ابزار سریع و ساده وجود آن بر روی کامپیوتر های شخصی بسیار مفید خواهد بود. هر توالی ای که مورد نیاز شماست توسط این نرم افزار باز خواهد شد و هیچ فرمت نا آشنای مربوط به علوم زیستی بر روی کامپیوتر شخصی خود نخواهید داشت. جالب است بدانید، مجوز نرم افزار رایگان و ماژول _­های به روز آن در کنار توانایی سریع آن در تولید نتایج، آن را به یکی از محبوب ترین برنامه _­های زیست شناسی مولکولی امروزه تبدیل کرده است.

نرم افزارBioEdit را می توانید: به منظور ساخت قطعات مکمل از روی توالی خود، آنالیز مشخصات پرایمر_­ها، بررسی نقاط برش آنزیم_­های برش دهنده و مقایسه توالی _­ها استفاده کرد. نکته مهم در این نرم افزار این است که در بخش توالی_­های پروتئینی هم این نرم افزار بسیار کامل و مفید خواهد بود. امکانات این نرم افزار بسیار گسترده است. بیوادیت با تمام پایگاه_­های داده توالی_­های زیستی امکان ارتباط دارد و با توجه به اینکه از آن دسته از نرم افزارهای رایگان است، کاربر در زمان استفاده مشکلی از بابت لایسنس نرم افزار نخواهد داشت.

این نرم افزار به صورت رایگان بوده و می توانید  آن را دانلود نمایید.

پروتکل ها/دستورالعمل های آزمایشگاه BioEdit / Mega2

۱) برای باز کردن  توالی_­ ها در نرم افزار BioEdit:

الف) در بخش منو گزینه فایل و سپس گزینه Open را انتخاب کنید تا اولین توالی شما را باز کند.

ب) در منوی File گزینه Import را انتخاب کنید، احتمالاً مجبور خواهید بود که آنرا تغییر دهید.

سپس در بخش files of type ،فقط گزینهall files را انتخاب کنید.

با نگه داشتن دکمه control و کلیک بر روی آن، فایل بعدی یا همه آنها را انتخاب کرده و سپس Enter را بزنید.

۲) زمانی که تمام توالی_­ها در جای خود قرار گرفتند، باید آنها را تراز ( در یک ردیف قرار دهید) کنید. برای انجام این کار :

الف) عناوین توالی را در سمت چپ صفحه نمایش خود هایلایت کنید و در منوی بالای صفحه گزینه Edit را انتخاب کرده و سپس در پنجره باز شده گزینه Copy Sequence(s) را کلیک و توالی(ها) را کپی کنید.

ب)به آدرس http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ کلیک راست کنید و در پنجره باز شده گزینه Paste را انتخاب کنید. سپس دکمه Run را بزنید.

ج) در نهایت شما یک صفحه نمایش نتایج دریافت خواهید کرد. دقیقاً بالاتر از توالی_­های تراز شده_­ی شما عددی خواهد بود که متعاقب آن است. روی (aln)کلیک راست کرده و گزینه Save Target As را کلیک کنید (این را به عنوان یک فایل متنی ذخیره نکنید، زیرا برنامه بعدی که استفاده خواهید کرد قادر به خواندن آن نیست!)

د) سپس به BioEdit بازگردید با استفاده از فایلی که اخیراً از آن ذخیره کرده اید، و فایل جدیدی را باز کنید.

ه )در قسمت بالای توالی یک نوار منوی وجود دارد که تعداد زیادی چیز جالب در آن قرار دارد. بررسی کنید که چه کارهایی می شود انجام داد. حروف رنگی کدهای اسیدهای آمینه را رنگ می_­کنند و آمینواسیدها و حروف رنگی با نقاط جدا می_­شوند اسیدهای آمینه در همه توالی ها یکسان هستند به این ترتیب شما فقط تفاوت ها را می بینید.

• فایل خود را به عنوان یک فایل fasta ذخیره کنید. اگر .aln باقی مانده است آن را قبل از ذخیره حذف کنید.

۳) برنامه Mega2 را باز کنید.

الف) به شما سه گزینه ارائه خواهد شد:

• Click me to activate a data file
• Go to the MEGA2 web page
• Citing MEGA2 in publications

ب) فایل aln را که قبلاً از اینترنت یا فایل fasta ذخیره کرده اید، باز کنید.

پیام ذخیره شده از BioEdit که به احتمال زیاد فقط پیامerror expected” ” است را دریافت خواهید کرد سپس گزینه OK را کلیک کنید.

ج) باید هر فایل را به یک فایل با فرمت مگا((Mega تبدیل کنید. برای انجام این کار منوی Utilities را انتخاب کرده و Convert to Mega format را انتخاب کنید. این پرونده جدید را ذخیره نمائید. این یک اسم کمی متفاوت است تا بتوانید راحت تر آن را پیدا کنید. اکنون این فایل را ببندید.

د) برای فعال کردن دوباره یک فایل داده (data file) کلیک کنید و فایلی را که تازه ذخیره کرده اید انتخاب کنید و بیان کنید که این یک توالی نوکلئوتیدی و صحیح است.

ه)از شما سؤال خواهد کرد که آیا توالی نوکلئوتیدی کد کننده پروتئین دارید؟

اگر cyt b را کلیک کنید به معنی بله اگرحلقه D (D-loop click)را کلیک کنید یعنی نه. (اگر بله را انتخاب کردید، مجبورید به انتخاب میتوکندری مهره داران هستید.)

و)در فهرست منو، گزینه Data Explorer را انتخاب کنید و نگاهی به توالی_­های خود بیندازید.

-در منوی پایین بر روی حروف روشن/ قرمز رنگ کلیک کنید.
توالی ها را ببینید که چگونه آنها تغییر می کنند:

C= نوکلئوتیدها

V=متغیر

– در منوی بالای صفحه گزینه phylogen را انتخاب کرده سپس یک پنجره باز می شود و گزینه UPGMA را انتخاب کنید.

-در زیر تنظیمات آنالیز گزینهModel’ (منوی کشویی) را با عنوان: (Nucleotide > No. of Differences)تنظیم کنید سپس گزینه ok را انتخاب نمائید، که یک درخت ایجاد می_­شود، شما باید پنجره ای را انتخاب کنید که Tree نام دارد. در بالای منوهایی با چندین نوع درخت شاخه بر روی آن مشاهده خواهید کرد. همه آنها را امتحان کنید. این روش های مختلفی برای نمایش داده های شما و روابط آنها هستند. روشی متفاوت را امتحان کنید. در زیر منوی فیلوژنی، Neighbor joining را انتخاب کنید با استفاده از همان مدل مشابه در بالا بپیوندید. هر دو درخت را باز کنید و با استفاده از همان سبک خروجی آنها را با هم مقایسه می کند. آیا تفاوت قابل توجهی با هم دارند؟