استخراج DNA از خون به روش رسوب دهی نمک (Salting out)

مراحل/پروتکل استخراج DNA از خون به روش رسوب دهی نمک 

یکی از روش های متداول برای استخراج DNA استفاده از نمک های اشباع می باشد .

  1. همه سلول هاي هسته دارDNAدارند. بنابراين، در بافت هایی مثل خون فقط گلبول هاي سفيد DNA دارند و گلبول های قرمز DNA ندارند، پس در ابتدا باید از شر گلبول های قرمز خلاص شوید به این منظور، مقداری خون را در تیوب ریخته و  تقریبا دو برابر حجم خون آب مقطر سرد به آن اضافه نمائید پدیده اسمز در گلبول‌های قرمز  باعث می شود مولکول‌های آب از جدارهی نیمه تراوای گلبول قرمز عبور کرده و به درون گلبول قرمز راه ‌یابند، در نتیجه مقدار آب درون گلبول رفته رفته افزایش یافته تورژسانس رخ می دهد و منجر به پاره شدن جدارهی سلول خونی و لیز آن می شود.

در این مرحله می توان به جای آب مقطر سرد از بافر لیز کننده گلبول قرمز شامل NH۴Cl، KHCO۳ و   EDTAهمراه با Triton X100 نیز استفاده کرد تا نتیجه بهتری گرفت.

بعد از ۱۰ الی ۱۵ دقیقه شوک حرارتی و هم چنان تکان دادن پیاپی میکروتیوب، آن را سانتریفوژ نمایید.

این مرحله را تا زمان بی رنگ شدن رسوب و عدم مشاهده رنگ قرمز تکرار نمائید (حداقل دو تا سه مرتبه).

  1. محلول رویی را دور ریخته و بر روی رسوب بافر لیز کننده هسته بریزید و با پیپتاژ رسوب را حل کنید.

این بافر عمدتا حاوی Tris-HCl،   EDTA ، NaCl،  sucrose می باشد.

  1. در ادامه SDS 10%به محلول فوق اضافه کرده و می توانید به اختیار پروتئیناز K به محلول فوق اضافه نمایید که در حضور SDS در دمای ۵۶ الی ۶۵ به مدت ۳ الی ۱۶ ساعت به صورت بهینه موجب تخریب پروتئین­ها و همچنین unfold شدن آن­ها می­ شود.
  2. NaCl اشباع به میکروتیوب واقع بر یخ اضافه کنید و ۵ دقیقه بر روی یخ انکوبه نمائید، چندین مرتبه shake کرده و سپس  سانتریفوژ نمائید تا پروتئین ها رسوب کند.
  3. سوپرناتانت را به میکروتیوب جدیدی منتقل نموده و بر روی آن هم حجم سوپرناتانت ایزوپروپانل ( و یا دو برابر حجم اتانول مطلق) سرد بریزید. ابتدا آهسته و سپس سریع تکان دهید تا کلاف DNA ظاهر شود و چند دقیقه در دمای  -۲۰ درجه انکوبه نمایید، سپس سانتریفوژ کنید تا کلاف DNA رسوب نماید.
  4. محلول رویی را تخلیه کرده و رسوب را در اتانول ۷۵% حل نمائید. چندین مرتبه میکروتیوب را invert کرده و سپس سانتریفوژ نمائید، محلول رویی را خارج کرده و تیوب را در محیط آزمایشگاه و یا برای سرعت عمل بیشتر در دمای ۵۶ درجه سانتیگراد قرار دهید تا خشک شود (برای حذف بقایای اتانول لازم است تمام جداره میکروتیوب و DNA خشک شود، اتانول در انجام PCR تداخل ایجاد می ­نماید. بدین دلیل لازم است تا آنجا که مقدور است در این مرحله حذف گردد) این مرحله حداقل ۲ بار تکرار شود.
  5. با توجه به اندازه کلاف تشکیل شده مقداری TE یا ddH۲O به آن اضافه کنید و در ادامه تیوب را به مدت ۱۵-۲۰ دقیقه در محیط آزمایشگاه قرار دهید تا رسوب حل شود و در نهایت به فریزر منتقل نمائید.