پروژه ادغام اطلاعات توالی ژنومی و تفسیر آن ها به همراه سایر اطلاعات زیستی

چند سال پیش از اتمام پروژه ژنوم انسان، پروژه Ensembl  در سال ۱۹۹۹ فعالیت خود را آغاز کرد. در  مراحل ابتدایی پروژه، کاملا آشکار بود تعداد ۳ میلیارد جفت باز را نمی شود به صورت دستی یادداشت و تفسیر کرده و در اختیار دانشمندان قرار داد، به این دلیل  که اگر به این شکل باشد، دسترسی آسان و سریع به آن امکان پذیر نخواهد بود.

هدف سایت و پروژه Ensembl

هدف این بود که  اطلاعات توالی ژنومی و تفسیر آن ها را به همراه سایر اطلاعات زیستی از پیش یافته شده ادغام کنند و مشغول به تکمیل آن شوند و همینطور همه این اطلاعات را از طریق سایت قابل دسترسی برای عموم قرار دهد. استارت ساخت سایت  Ensembl از ماه جولای سال ۲۰۰۰ زده شد و تا آن زمان اطلاعات ژنتیکی زیادی به بانک اطلاعاتی Ensembl اضافه شده بود. همینطور اطلاعاتی از قبیل  ژن های تطبیقی و تنظیمی که از قبل در دسترس بودند، طی پروژه گسترش یافتند. در واقع  Ensembl یک مرورگر ژنومی برای ژنوم های مهره داران است که از تحقیقات در ژنومیک های مقایسه ای ، تکامل ، تغییر توالی و تنظیم رونویسی پشتیبانی می کند. ژن های حاشیه نویسی Ensembl ، محاسبات متعدد را محاسبه می کنند ، عملکرد نظارتی را پیش بینی می کنند و داده های بیماری را جمع می کنند. ابزارهای اسمبل شامل BLAST ، BLAT ، BioMart و Variant Effect Predictor (VEP) برای همه گونه های پشتیبانی شده است.

تعداد افرادی که در پروژه Ensembl شرکت می کردند به طور پیوسته در حال افزایش بود. در حال حاضر گروه Ensembl تشکیل شده  از ۴۰ الی ۵۰ نفر که در گروه های مختلف پروژه قرار گرفته اند که تیم های زیر را شکل می دهند

– تیم انفورماتیک، آپلود به موقع اطلاعات در سایت را انجام می دهند و بطور مرتب اطلاعات را بررسی می کنند و از واضح و آشکار بودن مطالب و همینطور کاربر پسند بودن ظاهر سایت اطمینان حاصل می کنند.

– تیم های Compara، Variation و Regulation به ترتیب مسئول اطلاعات مقایسه ای، گوناگونی و تنظیمی هستند.

– تیم «Genebuild»  مجموعه های ژنی برای گونه های مختلف ایجاد می کند.‌ این اطلاعات در هسته پایگاه داده ذخیره شده و بوسیله تیم انفورماتیک حفاظت می شود. این تیم همچنین اطلاعات BioMart را توسعه داده و  نگهداری می کند.

مسئول همگام سازی منظم به روز رسانی اطلاعات Ensembl تیمی به نام تیم تولید محتوا می باشد.

– در نهایت تیم Outreach به سوال کاربران پاسخ داده و در زمینه کاربرد های Ensembl کارگاه های جهانی برگزار می کند.

توالی های DNA و … که در ساخت ژن Ensembl مورد استفاده قرار می گیرند، بوسیله پروژه های مختلفی در سراسر دنیا تهیه شده اند. به منظور بهبود سازی ارتباط بین اطلاعات ارائه شده بوسیله سایت های ژنومیک مختلف، سایت Ensembl وارد یک توافق نامه با سایت های UCSC و NCBI شده است.

🌍 آدرس وبسایت